公司成立於中華民國四十八年十月,創辦初期僅擔任不定期的客貨運業務,並以代運報紙為主;後陸續擴展空中測量攝影、海上搜索、森林防護、礦苗勘察、農藥噴灑等業務,現為以國內外定期或包機之航空客貨運為主要收入來源。
公司飛航8條國內定期或包機航線、14條國際定期、包機或濕租航線、以及3條國際貨運航線,以及有多條不定期的包機航線。
高鐵通車,再加上原本鐵、公路紛紛提升運量,都將使原有競爭態勢更為激烈,公司積極經營中轉航線,透過濟州島進入中國,現轉機航點除上海外,也增加北京、瀋陽、大連、與杭州等選擇。
近年來,遠航在拓展國際市場客源的努力已有相當成果。在深耕經營濟州轉運市場,新HUB 建立與東南亞航線的復甦,配合其他航點之重點開發。遠航以邁向國際區域之航線目標。
2008年5月,公司爆發財務危機,因而停航。
2009年,因國際航權到期,民航局收回帛琉、濟州、河內等10條國際航線。
2011年初,公司申請復航,在完成現金增資11.9億元及通過民航局審查後,即可復航。
公司擁有三架MD-83型(可載運142人)客機完成適航驗證,初期每天有兩班班機從台北往返金門,預計5月中將增班至每天4班。
4月18日松山-金門復航,另外,5月再復航台北-柬埔寨吳哥窟航線。
另外,公司也申請加入兩岸空運直航,估計6月可取回民航局為其保留的15個航班,預計9月起陸續開高雄-廣州、高雄-南京、台北-南寧等航線。
12月底,公司重回高雄小港國際機場,並開闢金門、馬公、成都、南寧、海口等定期航班,以及亞洲地區的國際包機。
2014年2月,公司預計2014年6月底前完成重整。於2月底購入8架MD客機加入營運,並計劃買進的5架波音757客機,預計今年內先引進3架,並將辦理增資,引進策略性投資人,但不會出讓經營權。